Základem místního názvu bylo osobní jméno Pustek, což byla domácká podoba jména Pustimír. Význam místního jména byl "Pustkův majetek". Podoba Pustkovec může být zdrobnělina staršího (písemně nedoloženého) Pustkov, je nicméně též možné, že místní jméno bylo rovnou vytvořeno příponou -ovec, což bylo v lašské oblasti časté.